View source for BLAST/matrices

The following are the standard '''[[BLAST]] matrices''' provided by NCBI (last access date: 2008-05-15):

 see: [[wikipedia:Substitution matrix|Substitution matrix]]

==BLOSUM==
'''[[wikipedia:BLOSUM|BLOSUM]]''' ('''BLO'''cks of amino acid '''SU'''bstitution '''M'''atrix)

*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM100]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM100.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM30]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM30.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM35]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM35.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM40]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM40.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM45]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM45.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM50.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM55]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM55.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM60]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM60.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM62]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM62.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM65]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM65.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM70]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM70.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM75]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM75.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM80]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM80.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM85]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM85.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM90]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUM90.50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUMN]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ BLOSUMN.50]

==PAM==
'''[[wikipedia:Point Accepted Mutation|PAM]]''' ('''P'''oint '''A'''ccepted '''M'''utation)

*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM10]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM100]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM110]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM120]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM120.cdi]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM130]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM140]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM150]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM160]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM160.cdi]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM170]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM180]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM190]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM20]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM200]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM200.cdi]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM210]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM220]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM230]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM240]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM250]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM250.cdi]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM260]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM270]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM280]
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*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM300]
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*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM320]
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*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM340]
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*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM360]
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*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM40]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM40.cdi]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM400]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM410]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM420]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM430]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM440]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM450]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM460]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM470]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM480]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM490]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM50]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM500]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM60]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM70]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM80]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM80.cdi]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ PAM90]
==Other==
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ DAYHOFF]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ GONNET]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ IDENTITY]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ MATCH]
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ NUC.4.2] &mdash; Uses ambiguous nucleotide codes, probabilities rounded to nearest integer
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/ NUC.4.4] &mdash; Uses ambiguous nucleotide codes, probabilities rounded to nearest integer

==External links==
*[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/ official BLAST download]

[[Category:Bioinformatics]]